為與時並進和配合用戶及網絡環境的需要，我們不斷研究產品的改良。《文淵閣四庫全書電子版》第二期工程於2005年展開，並於2007年推出嶄新的《文淵閣四庫全書電子版》3.0版。新版本採用了最新國際標準ISO/IEC 10646:2003 Unicode 5.0七萬多字的大字庫，再加入按Unicode編碼的新造字一萬二千多個，可檢索字符數量達八萬多，檢索範圍接近百份之百。

新版本的檢索功能也作了多方面的改進，使檢索效益進一步提升，更方便用戶使用。除可以類目瀏覽直接翻開各書頁，更包括多種檢索功能：

• 精確檢索／模糊檢索
• 進階檢索（與、或、非檢索，並可設定兩組關鍵詞之間的字距）
• 在顯示結果中再檢索
• 分類詞條檢索
• 書名檢索
• 著者檢索
• 檢索範圍：全文／注釋／全文及注釋／標題及圖像標題／書名／著者／四庫類目範圍

為滿足使用者在學習和科研上的個性化需求，3.0版配備多種研究和記錄工具。用戶可在網絡上設定個人的書籤、筆記、檢索記錄、加入標點等，儲存自己的研究心得。用戶亦可利用參考工具了解內容或查證資料，目前備有以下參考工具，未來還會陸續增加其他字典及詞典。

• 《中華古漢語字典》
• 《四庫大辭典》
• 《四庫全書》總目及簡明目錄
• 關聯字查詢
• 古今紀年換算
• 干支／公元年換算
• 八卦、六十四卦表

• 配備69,584組漢字的關聯，包括異體、繁簡、古今、通假、新舊及中日六種。
• 可選定關鍵詞的關聯漢字一併進行檢索，避免因字的不同寫法使檢索有所遺漏。

• 可在各種分類詞條中，選擇與研究相關或個人有興趣的專題條目，直接檢索相關內容。
• 分類詞條庫具擴充功能，目前已有「古籍類書分類」，將陸續加入中醫類、人物類、地理類，以及其他分類詞條

• 檢索結果以樹狀結構顯示，可彈性按《四庫全書》的分類檢視匹配結果。
• 書名、卷名、匹配數、朝代及著者一目了然。
• 可預覽關鍵詞上、下文的概要，減省瀏覽各匹配全文的時間。

提供3個閱讀內容的模式供選擇：
(1)「全文文本」；
(2)「原文圖像」；
(3)「全文文本」與「原文圖像」並列顯示，方便用戶直接對照校勘，一目了然。

• 《四庫全書》內有多部字書和韻書，是很有用的古籍參考工具。這些工具書將陸續轉化成可與內容參考連結使用的工具，為用戶提供更多方便。
• 目前已加入字典包括《說文解字》、《重修玉篇》、《御定康熙字典》、《重修廣韻》和《集韻》。